Funde in den Bodden weisen auf eine Besiedelung seit der Steinzeit hin. Später wurde die Insel u.a. von Germanen (Rugiern) bewohnt, in der Völkerwanderung von den slawischen Ranen (Rujanen) besetzt und stand unter besonderen Fürsten.
Der dänische König Waldemar I. unterwarf die Insel und zerstörte 1168 auf Kap Arkona das letzte Asyl des Svantevit-Kultes. Unter dem Fürsten Jaromar I. (†1218) wurden die Inselbewohner völlig christianisiert. Die Insel füllte sich mit deutschen Ansiedlern aus dem westelbischen Raum. Jaromars Nachfolger eroberten einen Teil der pommerschen Küste bis zum Ryckfluss, gründeten 1234 Stralsund und warfen das dänische Joch ab. Wizlaw II. nahm 1282 die Insel vom deutschen König Rudolf zum Lehen und erhielt das Amt eines Reichsjägermeisters.
1304 und 1317 verwüsteten Sturmfluten die Insel und rissen einen Teil, Ruden genannt, davon ab.
Nach dem Tod von Wizlaw III. von Rügen 1325 kam das Land infolge der 1321 geschlossenen Erbverbrüderung an Pommern-Wolgast und war eine Zeit lang das Besitztum einer abgezweigten Linie (Bart), bis es 1478 auf immer mit Pommern vereinigt wurde. Mit diesem Land kam es dann 1648 durch den Westfälischen Frieden an Schweden. Vom 23.- 24. September 1678 und am 15. November 1715 wurde Rügen von den Brandenburgern, 1807 von den Franzosen genommen und von diesen bis 1813 besetzt gehalten. Im Frieden von Kiel von 1814 ging es zunächst von Schweden an Dänemark. 1815 fiel es dann mit Neuvorpommern an Preußen.
Die Halbinsel Jasmund war nach dem Dreißigjährigen Krieg eine Zeit lang im Besitz des schwedischen Generals Carl Gustav Wrangel, dann der Grafen de la Gardie, von denen sie Fürst Putbus erwarb.
Während der Zeit des Nationalsozialismus baute die Organisation Kraft durch Freude auf Rügen ein großes Bad, Prora. Die Arbeiten wurden aber nicht beendet. Es befindet sich nördlich von Binz, und Teile des Baus werden noch genutzt, unter anderem für Museen.
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